Il budget totale del progetto PhenoALP è pari a 1.461.777 euro di cui circa 1/3 (35,4%) destinato ai partners francesi e 2/3 (64,6%) a quelli italiani. La quota di contributo FESR (Fondo europeo di sviluppo regionale) ammonta al 66,6% del budget complessivo, per totali 973.543 euro. Le contropartite pubbliche nazionali (CPN) sono assicurate, per l'Italia, direttamente dallo Stato, a carico del fondo di rotazione per l'attuazione delle politiche comunitarie di cui all'articolo 5 della legge n.183/1987 (221.028 euro); per i partner francesi i cofinanziamenti provengono dai Consigli Regionali Rhône-Alpes et PACA e dai Consigli Dipartimentali Haute-Savoie e Savoie (121.027 euro).
La suddivisione per categoria di spesa è riportata nel grafico sotto

Ogni partner assicura, con modalità diverse, la quota di minima di autofinanziamento (10%) il cui totale si attesta attorno ai 150.000 euro. La suddivisione del budget per azione  e per partner  è riportata nei grafici seguenti.